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福建中医药大学学位与研究生教育起步于20世纪80年代。1985年，我校被国务院学位委员会批准为具有硕士学位授予权的单位，1998年，被国务院学位委员会批准为具有博士学位授予权的单位。经过30多年的努力，我校学位与研究生教育工作已建立起具有一定规模、医药类学科比较齐全、多层次、多形式的学位与研究生教育体系。为适应新形势下学校研究生教育管理工作需要，学校于2014年2月将研究生部更名为研究生院，并增设党委研究生工作部（与研究生院合署办公）。研究生院下设综合办公室、研招办、培养科、学位科、研工科和学科建设科（博士后管理办公室）等6个科室。