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宁夏医科大学研究生教育始于1978年，首次招生24名硕士研究生，招生专业涉及10个学科。1986年，人体解剖学、生理学、药理学、放射学4个学科率先获得硕士学位授予权，我校成为宁夏最早获得硕士学位授权的单位之一。2000年，分别获得同等学力人员申请硕士学位工作单位和临床医学硕士专业学位教育试点工作单位。2008年，获得推荐免试攻读硕士学位研究生资格和招收高校教师在职攻读硕士学位资格。2013年，学校获批为博士学位授权单位，并获批3个一 级学科博士学位授权点，次年首次招收临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学博士生10名。2018年获批临床医学博士专业学位授权类别，当年即招收临床医学专业学位博士研究生15名。2021年获批药学一级学科博士学位授权点。