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赣南医学院图书馆创立于1958年，1993年启用章贡校区图书馆，2009年建成黄金校区图书馆，已形成章贡馆区与黄金馆区相辅共存，馆舍总面积达15762 m2。下设采编部、流通部、期刊部、信息技术部、图书情报中心、章贡分部、文献检索教研室和办公室。

截止2021年12月，图书馆拥有纸质图书133.4万册、纸质期刊929种（996份）、电子图书230.99万册、电子期刊81.13万册、中外文数据库63个，形成了以医学学科为主体，涵盖人文社会科学、理学、工学等学科的特色馆藏结构，已发展成为赣南及周边地区资源最丰富的医学文献中心。

两馆区拥有阅览座位1427个，周开放时间达到108.5小时。在赣州及周边地区率先采用“一站式”全开放服务模式，实现了藏、借、阅、咨的一体化，创设“书在身边，人在书中”的阅读和研习意境。两馆区大楼均实现无线网络全覆盖，使用金盘自动化管理系统和自助借还书机、电子查询机、报刊阅读机、歌德电子借阅机、自助文印机等现代化设备，实现设备设施的数字化和自动化，为读者提供方便快捷的文献服务。

通过开展网上新书、好书推荐、数字图书馆、移动图书馆以及vpn远程访问、线上咨询等服务，不断强化图书馆文献信息服务功能，满足了校内外用户24小时全天候随时随地查询、利用图书馆的资源和服务，并为校内外科研人员的科研立项、科技成果查新、代查代检、文献传递、论文重复率检测提供服务，建有现代电子图书系统和计算机网络服务体系。