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按照学校加强新兴交叉学科建设的发展战略，北京交通大学环境学院在土木建筑工程学院的市政与环境工程系、交通能源与环境研究院的基础上组建成立。作为学校应用新兴交叉学科的主力军之一，环境学院将为我国生态文明建设、减污降碳协同增效、促进经济社会绿色发展、生态环境质量改善由量变到质变的转型培养拔尖和创新人才。

北京交通大学环境学院源起于1956年设立的电厂化学专业，1998年获得环境工程硕士招生权，2001年开始招收环境工程本科生，2004年获批环境科学硕士学位点，2005年获批环境科学与工程一级硕士学位点，2010年开始招收市政工程博士研究生，2013年开始招收资源与环境专业硕士，2016年开始与英国兰卡斯特大学合作开办国际环境工程本科班，2021年获批交通能源与环境工程交叉学科博士点。环境工程(智慧环境与低碳技术）本科专业为国家级一流本科专业建设点。

2003年建成环境工程教学实验平台，2011年成立了“中美碳捕获联合研究中心”，2012年成立了“国际有毒有害物质联合研究中心北京交通大学分中心”，2015年获批建设“水中典型污染物控制与水质保障”北京市重点实验室，2019年获批建设“抗生素/抗性基因水环境污染控制技术”北京市国际科技合作基地。