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中国医科大学研究生教育始于建国初期。1978年全国恢复研究生招生，学校是首批获准招生高校之一。1980年国务院颁布学位条例实行学位制度后，经国务院学位委员会批准，学校成为全国首批具有博士和硕士学位授予权的高校之一。从1978年恢复研究生教育至今，学校共招收全日制博士研究生6150人，招收全日制硕士研究生22972人，非全日制硕士研究生7人。截至2022年9月，全日制在校研究生规模达8565人，其中博士研究生1381人，学术学位硕士研究生2555人，专业学位硕士研究生4629人。

学校在医学、教育学、理学、工学、哲学和管理学等6个学科门类拥有学位授予权，在基础医学、临床医学、生物学、口腔医学、公共卫生与预防医学、护理学、药学7个一级学科拥有博士学位授予权，在基础医学、临床医学、生物学、口腔医学、公共卫生与预防医学、护理学、药学、生物医学工程、心理学、医学技术、公共管理11个一级学科拥有硕士学位授予权。设有二级学科博士学位授权点58个，二级学科硕士学位授权点63个，三级学科博士学位授权点71个，三级学科硕士学位授权点76个。

学校研究生教育坚持以服务需求、提高质量为主线，着力培养德才兼备、具有优秀发展潜质的杰出创新人才和较强实践能力的高素质应用型人才。学校积极推进研究生教育综合改革，完善学位与研究生教育管理制度，建立层次分明、结构清晰的研究生教育管理体系，强化各责任主体的协同配合，促进学位与研究生教育发展机制和质量保障体系的完善。

学校积极推进研究生教育国际化进程，拓展对外开放合作渠道，建立有利于国际互认的研究生学位授予和培养机制。学校完善来校留学研究生政策，制订更加灵活的招生制度，不断扩大来校攻读学位的留学生规模，提高生源质量，努力创造中外研究生共学互融、跨文化交流的校园环境。

学校积极完善研究生奖助政策，加大对优秀研究生的奖励力度和贫困学生的资助力度，建立合理有效的奖励评价体系，包括国家奖学金、学业奖学金、新生奖学金和社会捐助奖学金等在内，奖学金覆盖面在非定向博士研究生中达到100%，在硕士研究生中达到50%以上。

学校研究生学位论文曾获评全国优秀博士论文，每年均有多篇学位论文获评辽宁省优秀博、硕士论文。毕业研究生年终就业率一直在95%以上，近80%的毕业生在我国一线城市和省会城市就业，82%的医疗卫生单位就业研究生在三级甲等医院就业，毕业研究生质量获就业单位好评。